Département Universitaire de Médecine Générale de TOURS

Comment s’en sortir avec le MeSH ?

samedi 21 janvier 2006

Comment s’en sortir avec le MeSH ?

CISMeF, DDRT, Omni, CliniWeb, SUMsearch, sans oublier PubMed « parlent » le MeSH. C’est un langage nouveau pour bon nombre de praticiens, mais c’est un langage qui rend plus performantes les requêtes effectuées avec les outils de recherche cités précédemment. La seule difficulté réside dans le « parler » MeSH, que ce soit en anglais ou dans son équivalent français (pour l’exploration de CISMeF).

Pour les praticiens français, l’obstacle est suffisamment difficile à franchir pour que des « aides » aient été mises en place que ce soit sur le site du réseau dicdoc de l’Inserm ou sur celui de la fondation Health On the Net (HON). Ces aides sont parfois insuffisantes, obligeant les praticiens à se débrouiller avec les moyens du bord ou le système D.

Des années d’errance sur la Toile médicale nous ont permis de recenser quatre moyens peu classiques (ou peu connus) de se sortir d’affaire. Inventaire.

« Jouer » avec l’astérisque du MeSH bilingue

Le MeSH bilingue est le lexique français-anglais réalisé par l’Inserm à partir de la version originale du thesaurus de la National Library of Medicine (NLM). Plusieurs options de recherche sont proposées à l’utilisateur. La recherche simple est la plus habituelle. Dans la fenêtre d’interrogation, le praticien entre le mot clé (en français) qui lui semble correspondre le mieux à sa requête. Trois réponses sont possibles :

- échec car le mot clé n’est ni un terme MeSH (version française), ni un de ses synonymes ;

- réussite car le mot clé est le synonyme d’un terme MeSH et l’outil affiche une page où sont rassemblés les termes MeSH français et anglais ;

. exemple : entrée de pelvispondylite rhumatismale

 : affichage de spondylarthrite ankylosante - Spondylitis, Ankylosing ;

- réussite car le mot clé est un terme MeSH et l’outil affiche les termes MeSH français et anglais ;

. exemple : entrée de tendinite : affichage de tendinite-Tendinitis.

En cas d’échec, les modules « recherche avancée » et « index et thesaurus » ne proposent pas de solution satisfaisante. Seul, le module « Browser 2000 » (qui affiche l’arborescence de la version française du MeSH) peut aider le praticien, sous réserve que celui-ci ait la patience d’explorer cette arborescence.

L’échec est souvent lié à une méconnaissance de la syntaxe du thesaurus (absence d’articles, inversion des termes d’un mot composé, virgules...). C’est alors que l’astérisque du module de recherche simple prend toute sa valeur.

Premier exemple

Les entrées de « maladie de Crohn », de « maladie Crohn », de « Crohn » se soldent par un échec. En revanche, « Crohn* » affiche Crohn, maladie - Crohn Disease.

Deuxième exemple

L’entrée de « activité sexuelle » aboutit à une impasse. Mais l’entrée de « sex* » fournit une cinquantaine de réponses dont deux (sexualité et comportement sexuel) sont proches de la requête initiale.

Troisième exemple

Les entrées de « bêta-bloquant », « beta-bloquant », « beta bloquant », « bêta bloquant » n’aboutissent à aucune réponse. Mais « *bloquant* » propose 4 réponses dont la bonne : adrénolytiques bêta - Adrenergic beta-Antagonists.

Interroger HONselect avec une partie du mot seulement
HONselect est le lexique français-anglais des termes MeSH proposé par la fondation Health On the Net (HON). La traduction en français des termes MeSH est toujours celle établie par l’Inserm. Seule l’interface de recherche change. Au crédit de celle-ci, la possibilité de visualiser (rapidement) le descripteur MeSH au sein de son arborescence (sans passer par le MeSH browser de PubMed ou l’exploration laborieuse du browser 2000 de l’Inserm).
HONselect propose la même fonction que le MeSH bilingue sous une forme différente. La sélection de
« une partie du mot » remplace l’astérisque (ou les astérisques).

Exemple avec « intestin » et sélection de « une partie du mot » : 42 réponses dont 39 descripteurs MeSH et 3 synonymes. Parmi les descripteurs MeSH, on retrouve les mots intestin, intestinal, intestinale, intestinales, intestinalis, associés à d’autres mots (muqueuse, perforation, obstruction, sécrétion...) ou faisant partie inté-grante des mots gastro-intestinal ou gastro-intestinale.

Solliciter le mapping de Gateway

Le mapping d’un mot clé consiste à croiser celui-ci avec un grand nombre de termes issus de plusieurs « vocabulaires ». Ce croisement aboutit à une liste de termes voisins du mot clé parmi lesquels il est possible de faire un choix plus adapté à l’objet de la recherche ou à la syntaxe de l’outil.

Gateway est une interface de recherche produite par la NLM. En dehors de Medline, elle interroge Medline Plus (un répertoire de documents destinés aux consommateurs de soins) et Locator Plus (un catalogue de livres et de documents audiovisuels). Son principal intérêt réside dans son outil de mapping, particulièrement performant. Il croise, en effet, les mots clés de l’utilisateur avec les termes du metathesaurus UMLS (Unified Medical Language System) et affiche (s’ils existent) les termes du MeSH correspondants.

Premier exemple : quel est le terme MeSH correspondant à l’ostéochondrite de hanche ?

• Sollicitation du module
« Find Terms » de Gateway.

• Entrée de « hip osteochondritis » dans la fenêtre d’interrogation.

• Affichage des termes MeSH suivants : Osteochondritis, Osteochondrodysplasias, Osteochondromatosis, Legg-Perthes Disease, Cartilage Diseases... Il est inutile d’aller plus loin, le terme MeSH est Legg-Perthes Disease.

Deuxième exemple : quel est le terme MeSH correspondant à la tendinite d’Achille ?

• Entrée de « Achille’s tendinitis » dans la fenêtre d’interrogation de Gateway (module « Find Terms »).

• Affichage des termes MeSH suivants : Tendinitis, Tenosynovitis, Achilles tendon, Tendons, Musculo-skeletal Diseases, Bursitis... • Il n’existe donc pas de termes MeSH correspondant à la tendinite d’Achille. L’interrogation de Medline en langage MeSH sur la tendinite d’Achille nécessite d’associer Tendinitis et Achilles Tendon comme dans l’équation suivante :

Tendinitis [mh] AND Achilles Tendon [mh]

Afficher le bordereau d’indexation
de Medline (dans PubMed)

Dans la page de résultats de PubMed, la barre située sous la barre de fonctions propose l’affichage des
résultats sous plusieurs formats (Summary, Abstract, Citation, Medline...). Pour afficher le bordereau d’indexation d’un article, il faut procéder de cette façon :

• Sélectionner l’article (case à cocher) ou afficher son résumé (clic de souris sur le lien).

• Dans le menu déroulant des formats, sélectionner Medline.

• Cliquer sur Display (afficher).

Dans la page qui s’affiche, il faut prendre en compte les termes précédés des initiales MH (MeSH Terms). Ce sont les descripteurs MeSH accompagnés de leurs qualificatifs. Les descripteurs majeurs (MeSH Major Topic) sont repérés par leur astérisque. L’intérêt de cet affichage est de donner au praticien une idée sur la façon dont a été caractérisé un document.

En pratique, le médecin en situation d’échec dans la recherche d’un terme MeSH fait une requête dans PubMed à l’aide d’un mot clé (text word) qui correspond sensiblement à l’objet de sa recherche. Dans les résultats obtenus, il sélectionne 3 ou 4 articles dont il affiche les bordereaux d’indexation. Et c’est au sein de ces bordereaux qu’il va repérer les descripteurs MeSH adaptés à sa requête.

Exemple : quel est le terme MeSH correspondant au syndrome de surcharge microtraumatique (overuse injury) ?

• Entrer overuse injury [tw] dans la fenêtre d’interrogation de PubMed et cliquer sur « Go ».

• Ne pas prendre en compte les articles non encore indexés (in process).

• Afficher les bordereaux d’indexation de 3 ou 4 articles contenant le mot clé overuse injury dans leur titre ou leur résumé (Text Word).

• Remarquer que chaque bordereau contient le descripteur MeSH Cumulative Trauma Disorders qui est le terme du thesaurus correspondant à Overuse Injury.

adresses

PubMed

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

HONsélect

http://www.hon.ch/HONselect/Search_f.html


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